Recherche

Les objectifs du pilier 1 d’HARMI sont de transformer en profondeur l’écosystème de recherche et les partenariats avec les entreprises,d’attirer des chercheurs de premier plan à l’échelle internationale, de promouvoir l’interdisciplinarité et de stimuler des collaborations scientifiques innovantes, tant entre les laboratoires qu’avec les acteurs industriels.

HARMI mobilise 4 domaines scientifiques …

• Microbiologie environnementale

• Microbiologie alimentaire

• Interactions hôte-microbe

• Biotechnologie microbienne

… autour de 4 grands lots de travail/Work Packages, qui s’étendent de la recherche fondamentale aux applications et visent à :

Chaires d’excellence HARMI

HARMI finance 4 chaires d’excellence destinées à des jeunes chercheurs pour une durée de 3 ans chacune.

La première chaire intitulée “Understanding and steering microbial communities in agroecosystems to enhance the delivery of ecosystem services”, rattachée à l’UMR Agroécologie (Centre INRAE Bourgogne-Franche-Comté), dont l’appel à candidatures a été lancé en 2025, a été attribuée à Maria C. Hernandez-Soriano, actuellement postdoctorante au John Innes Centre –Norwich, Royaume-Uni. Elle prendra ses fonctions au 1^er novembre 2026 au sein de l’UMR Agroécologie.

Le recrutement pour la deuxième chaire est en cours. Portée par l’UFR Sciences de la Santé à Besançon (Université Marie et Louis Pasteur) au sein de l’UMR Chrono-environnement, elle est consacrée à la thématique ”Exploring antibiotic resistance in human pathogens in the One Health framework” et comprend également des activités d’enseignements.

Deux autres chaires, portées par l’Institut Agro Dijon (IAD) et l’Université Bourgogne Europe (UBE) seront ouvertes d’ici à 2028.

Dispositif Accueil de Talents de la Recherche et Appui à la Coopération sur le Territoire » (ATRACT)

HARMI soutient le programme de la Région Bourgogne Franche-Comté « Accueil de Talents de la Recherche et Appui à la Coopération sur le Territoire » (ATRACT)en cofinançant à 20% l’installation de jeunes chercheurs de haut niveau au sein des unités de recherche en Bourgogne-Franche-Comté.

Ce dispositif a permis de recruter en postdoctorat Charlène Odobel en 2025 à l’UMR Biogéosciences sur le projet « MIcrobial CaRbonate Induced Trapping and Export » (MICRITE)-.

Appels à projets recherche HARMI

Afin de promouvoir des collaborations entre unités de recherche et entre disciplines, un appel à projet annuel permet de financer 4 types de projets :

• des projets starters pour initier de nouvelles collaborations / Favoriser l’émergence, la validation et la structuration de projets collaboratifs et interdisciplinaires

• des projets transversaux pour dynamiser la structuration la recherche en Bourgogne-Franche-Comté à un niveau inédit

• des projets internationaux pour renforcer les collaborations internationales

• des projets industriels pour structurer, développer et accélérer les partenariats socio-économiques et la valorisation de la recherche.

L’AAP3 est en cours ! Pour soumettre des propositions, voir Appels à propositions

Liste des projets financés au titre des AAP1 et AAP2 :

Depuis l’AAP 2025 de la région Bourgogne-Franche-Comté, HARMI apporte des co-financements à hauteur de 20% sur des projets en microbiologie dans le cadre de l’AAP Région Bourgogne-Franche-Comté géré par la Graduate School TRANSBIO « Structuration de la recherche Bourgogne-Franche-Comté ». 

Liste des projets soutenus par la Région Bourgogne-Franche-Comté et co-financés par HARMI en 2025 et 2026:

Appels à projets chaires industrielles

En plus des projets industriels de l’AAP recherche annuel, HARMI prévoit des AAP pour le financement de deux chaires industrielles.

Coopération avec le Plan Universitaire d’Innovation (PUI) Bourgogne-Franche-Comté

Un groupe de travail a été formé avec le PUI afin de :

• Détecter et évaluer le potentiel de valorisation des projets financés par l’AAP recherche HARMI

• Définir les contours des chaires industrielles

Programme « Itinéraire Chercheurs Entrepreneurs » de la région Bourgogne-Franche-Comté

HARMI soutient aussi le programme « Itinéraire Chercheurs Entrepreneurs » de la région Bourgogne-Franche-Comté en cofinançant à 20 % des parcours combinant recherche et entrepreneuriat et favorisant la valorisation et le transfert des travaux scientifiques vers les entreprises régionales.

Symposium Annuel HARMI

Le symposium annuel HARMI réunit des chercheurs de Bourgogne Franche-Comté avec la participation de conférenciers internationaux invités, d’industriels (et de plateformes). Cet évènement permet de partager de présenter et de faire rayonner les résultats des travaux de recherche du projet HARMI et favorise les échanges et le réseautage entre acteurs académiques et socio-économiques.

Déjà trois symposia ont eu lieu au Manège de Brack, mis gracieusement à disposition d'HARMI grâce au partenariat établi avec la Ville de Dole et l’EPCC Terre de Louis Pasteur. Le dernier s'est tenu les 15 et 16 septembre 2026.

Appel à projets pour l’organisation de séminaires, workshops, colloques et summer schools.

Chaque année, HARMI lance un appel à projets au fil de l’eau pour soutenir l’organisation de séminaires, workshops, colloques et summer schools. Pour soumettre des propositions, voir Appels à propositions

Schwartz, M.; Ladeira, R.; Neiers, F.; Nicolaï, A.; Hocquet, D.; Loupiac, C. Next-Generation Food Enzymology: From Metagenomic Discovery to AI-Driven Biocatalyst Design. J. Agric. Food Chem.2026, 74 (29), 22474–22482. doi.org/10.1021/acs.jafc.6c04349

Garces, F.; Picart, J.; Bosaro, M.; Riviere, E.; Morge, C.; Alexandre, H.; Roullier-Gall, C. Modulation of Grape Must Vitamin Content by Oenological Treatments Affects Saccharomyces Cerevisiae Fermentation Performance and Wine Volatile Composition. Sci. Rep.2026, 16 (1), 26718. doi.org/10.1038/s41598-026-56764-3

Cholley, P.; Abouelaz, C. Support de Présentation - Journée Collections Microbiennes - HARMI-2026. In Journée collections microbiennes , HARMI; HARMI: Dole, France, 2026.

Tomko, P.; Ovando-Ovando, C. I.; Boussagol, P.; Santiago-Martínez, M. G.; Visscher, P. T. Methanogens through Time and Space: Impact on Earth’s Planetary Evolution and Biogeochemistry. Geosciences2026, 16 (4), 144. doi.org/10.3390/geosciences16040144

Visscher, P. T.; Boussagol, P.; Bourillot, R.; Dupraz, C.; Braissant, O.; Decho, A. W.; Burns, B. P.; White III, R. A.; Tomko, P.; Vennin, E. A Critical Role of Heterotrophic Bacteria in Early Diagenesis of Carbonates through Exopolymer Degradation and Calcium Release. Depositional Rec.2026, 12 (1), e70057. https://doi.org/10.1002/dep2.70057

Boussagol, P.; Vennin, E.; Motreuil, S.; Bonnotte, A.; Jouve, G.; Millet, L.; Munier, T.; Visscher, P. T. Enhanced Carbonate Production Model for Temperate Stratified Lakes. Limnol. Oceanogr.2026, 71 (2), e70334. https://doi.org/10.1002/lno.70334

Lapaquette, P.; Ducreux, A.; Basmaciyan, L.; Bon, F.; Winckler, P.; Hube, B.; D’Enfert, C.; Claude-Taupin, A.; Morel, E.; Dalle, F. The Pore-Forming Toxin Candidalysin Dampens the Autophagy-Related Plasma Membrane Stress Response during Candida Albicans Invasion of Epithelial Cells. In Symposium HARMI; Dole, France, 2025.

Toute obtention d’un financement HARMI impose un engagement strict à :

- soumettre les publications dans HAL en sélectionnant dans les métadonnées : Financements > Projet(s) ANR > ANR-21-EXES-0014

- mentionner dans les publications et les communications scientifiques le soutien et la référence du projet selon l’exemple : “This research was funded by the HARMI (HARnessing MIcrobiomes for sustainable development) project (ANR-21-EXES-0014) under the France 2030 program managed by the ANR and funded by The European Union NextGenerationEU."