Recherche

Objectifs

Les objectifs du pilier 1 d’HARMI sont de transformer en profondeur l’écosystème de recherche et les partenariats avec les entreprises,d’attirer des chercheurs de premier plan à l’échelle internationale, de promouvoir l’interdisciplinarité et de stimuler des collaborations scientifiques innovantes, tant entre les laboratoires qu’avec les acteurs industriels.

HARMI mobilise 4 domaines scientifiques …

Microbiologie environnementale
Microbiologie alimentaire
Interactions hôte-microbe
Biotechnologie microbienne

… autour de 4 grands lots de travail/Work Packages, qui s’étendent de la recherche fondamentale aux applications et visent à :

Work Package 1

Comprendre l’écologie et la dynamique spatio-temporelle des communautés microbiennes

Compréhension des communautés microbiennes et de leurs rôles dans les fonctions écosystémiques au cours du temps
Impact des activités humaines sur les communautés microbiennes et les fonctions écosystémiques
Ecologie et évolution de la résistance aux antimicrobiens
Dispersion des pathogènes microbiens et éco-épidémiologie des maladies infectieuses
Impact des changements climatiques sur les communautés microbiennes et leurs activités

Work Package 2

Déchiffrer les interactions microbiote-hôte

Interactions co-évolutives entre l'hôte et le microbiote
Microbiote et santé de l'hôte dans divers contextes écologiques
Influence du microbiote sur les traits d’histoire de vie et sur le vieillissement de l’hôte

Work Package 3

Gérer les communautés microbiennes pour améliorer la durabilité et la fourniture de services

Remédiation et biodégradation microbienne
Agriculture durable dans un climat changeant
Atténuation du changement climatique
Optimisation des procédés microbiens dans la production alimentaire

Work Package 4

Développer les biotechnologies microbiennes

Identification et caractérisation des souches microbiennes d'intérêt
Développement et optimisation d’inoculants microbiens
Ingénierie des procédés de production microbiens pour la mise à l'échelle et le développement industriel
Développement d’outils pour la détection et la quantification des micro-organismes et de leurs fonctions dans l'environnement
Production de métabolites microbiens, de composés cellulaires microbiens, de peptides et de protéines d'intérêt

Attirer les jeunes chercheurs d’excellence en Bourgogne-Franche-Comté

Chaires d’excellence HARMI

HARMI finance 4 chaires d’excellence destinées à des jeunes chercheurs pour une durée de 3 ans chacune.

La première chaire intitulée “Understanding and steering microbial communities in agroecosystems to enhance the delivery of ecosystem services”, rattachée à l’UMR Agroécologie (Centre INRAE Bourgogne-Franche-Comté), dont l’appel à candidatures a été lancé en 2025, a été attribuée à Maria C. Hernandez-Soriano, actuellement postdoctorante au John Innes Centre –Norwich, Royaume-Uni. Elle prendra ses fonctions au 1^er novembre 2026 au sein de l’UMR Agroécologie.

Le recrutement pour la deuxième chaire est en cours. Portée par l’UFR Sciences de la Santé à Besançon (Université Marie et Louis Pasteur) au sein de l’UMR Chrono-environnement, elle est consacrée à la thématique ”Exploring antibiotic resistance in human pathogens in the One Health framework” et comprend également des activités d’enseignements.

Deux autres chaires, portées par l’Institut Agro Dijon (IAD) et l’Université Bourgogne Europe (UBE) seront ouvertes d’ici à 2028.

Dispositif Accueil de Talents de la Recherche et Appui à la Coopération sur le Territoire » (ATRACT)

HARMI soutient le programme de la Région Bourgogne Franche-Comté « Accueil de Talents de la Recherche et Appui à la Coopération sur le Territoire » (ATRACT)en cofinançant à 20% l’installation de jeunes chercheurs de haut niveau au sein des unités de recherche en Bourgogne-Franche-Comté.

Ce dispositif a permis de recruter en postdoctorat Charlène Odobel en 2025 à l’UMR Biogéosciences sur le projet « MIcrobial CaRbonate Induced Trapping and Export » (MICRITE)-.

Promouvoir une recherche interdisciplinaire et internationale

Appels à projets recherche HARMI

Afin de promouvoir des collaborations entre unités de recherche et entre disciplines, un appel à projet annuel permet de financer 4 types de projets :

des projets starters pour initier de nouvelles collaborations / Favoriser l’émergence, la validation et la structuration de projets collaboratifs et interdisciplinaires
des projets transversaux pour dynamiser la structuration la recherche en Bourgogne-Franche-Comté à un niveau inédit
des projets internationaux pour renforcer les collaborations internationales
des projets industriels pour structurer, développer et accélérer les partenariats socio-économiques et la valorisation de la recherche.

L’AAP3 est en cours ! Pour soumettre des propositions, voir Appels à propositions

Liste des projets financés au titre des AAP1 et AAP2 :

Projet	Titre	AAP	Porteur	Unités / Plateformes	Work Packages HARMI
ARMOR	Autophagy-mediated remodeling of host plasma membrane in fungal interactions with plant and animal host organisms	AAP1	Pierre Lapaquette	PAM, Agroécologie	WP2
BIORELAX	Effect of a water deficit, pre-adapted, rhizosphere microbiota on plant phenotype and soil properties	AAP1	Samuel Jacquiod	Agroécologie, PAM / 4PMI, DImaCell, DIVVA	WP1 WP2
LALI-HDA	Use of the emerging bacterial system Lactoccus lactis for the functional expression of the chloroplastic protein histone seacetylase 14 (HDA14) from the green algea Klebsormidium nitens	AAP1	Annie Frelet-Barrand	FEMTO, Agroécologie	WP4
MICMET	Development of specific sensors for counting microorganisms and their secondary metabolites in different fermentation conditions	AAP1	Oliete Bonastre	PAM, UTINAM	WP4
PARADE	Role of anti-phage defence systems in the spread of epidemic clones of Pseudomonas aeruginosa	AAP1	Catherine Llanes	Chrono-environnement, BUH Hygiène / CRB-FMB, 2B2S	WP1
IRONEX	RND Efflux Systems and Iron Dynamics: Interactions in Antibiotic Resistance in Pseudomonas spp	AAP1	Katy Jeannot	Chrono-environnement, Agroécologie / DImaCell	WP1 WP2
FUNGIPSOME	FUNGal reprogramming of PSOriasis MEmory in human skin	AAP1	Irene Gallais-Serezal	RIGHT, Chrono-environnement / 2B2S	WP1 WP2 WP4
M-CARBO-STORE	Microbial carbonate muds, a potential for Carbon capture and STORagE	AAP1	Emmanuelle Vennin	Biogeosciences, Chrono-environnement, Agroécologie	WP1 WP3
DEVINE	Decoding Enological Velum and Its Natural Evolution	AAP2	Chloé Roullier-Gall	PAM, CTM	WP1 WP3
IDYLYK	Investigating MAMP-induced DYnamics of receptor LYKs by complementary imaging techniques	AAP2	Nathalie Leborgne-Castel	Agroécologie, ICB / DImaCell	WP2
STREAM	Spread and TRansfert of bla_IMP-29 in hospital effluents Across Microbiota	AAP2	Xavier Bertrand	Chrono-environnement, BUH Hygiène, CTM	WP1
FungiTasty	Investigation of Fungi perception through taste in Drosophila melanogaster	AAP2	Stéphane Fraichard	CSGA, PAM	WP2
MiTasteFly	Understanding microbiota modulation of taste sensitivity and feeding behavior in Drosophila melanogaster	AAP2	Pierre-Yves Musso	CSGA, PAM	WP2
RESCUE	Elucidating the Role of Endoplasmic Reticulum-Based Signalling in the ‘Cry-for-Help’ Response in plants Under Biotic Stress	AAP2	Olivier Lamotte	GSGA, Agroécologie / DIVVA, DImaCell	WP2 WP4
THIOMINE	Mining microbial sulfur metabolism to design enzymes enhancing wine aromatic thiols	AAP2	Mathieu Schwartz	PAM, ICB / DIVVA, 2B2S	WP3 WP4
MICROBIOPLAST	Bacterial adhesion and trophic transfer of microplastics: from soil plastisphere to the food chain	AAP2	Pascale Winckler	PAM, Agroécologie, Chrono-environnement	WP1
DERMABIOME	Deciphering the Skin Microbiome in iatrogenic skin inflammation (ISI): From Biologics to Immunotherapies	AAP2	François Aubin	RIGHT, CIC CHUB, Chrono-environnement / 2B2S	WP1 WP2 WP4
ABRICO	Role of the PmrAB two-component system in the pathogenicity of a multidrug-resistant Acinetobacter baumannii clinical clone	AAP2	Anais Potron	Chronoenvironnement, CTM, BIOSAND	WP1 WP2
DARWIN	Building on plant breeding for nitrogen uptake with microbiota artificial selection	AAP2	Manuel Blouin	Agroécologie, Biogéosciences	WP2 WP3 WP4
AMAZ-LIFE	Amazonian Life, Indigenous Fermentation Ecologies	AAP2	Emmnauelle Ricaud-Oneto	CSGA, PAM	WP3
ENVI-FUNGI-R	Environmental tracking of opportunistic fungi and antifungal resistance with citizen science study	AAP2	Laurence Millon	Chrono-environnement, PAM	WP1
PRO-SIP	Probiotics for the Biocontrol of hospital Siphon microbiota to prevent multidrug-resistant bacteria	AAP2	Didier Hocquet	Chrono-environnement, Agroécologie, Hygiène CHUB, CTM, Institut Carnot	WP1 WP3 WP4

Appels à Projets recherche de la région Bourgogne-Franche-Comté / graduate school TRANSBIO

Depuis l’AAP 2025 de la région Bourgogne-Franche-Comté, HARMI apporte des co-financements à hauteur de 20% sur des projets en microbiologie dans le cadre de l’AAP Région Bourgogne-Franche-Comté géré par la Graduate School TRANSBIO « Structuration de la recherche Bourgogne-Franche-Comté ».

Liste des projets soutenus par la Région Bourgogne-Franche-Comté et co-financés par HARMI en 2025 et 2026:

Projet	Titre	Appel	Porteur	Unités / Plateformes	Co-financement HARMI
BIODIVIN	Etude de la diversité chez Metschnikowia pulcherrima et compréhension des mécanismes d'interactions impliqués dans la bioprotection	2025	Hervé Alexandre	PAM, Agroécologie, CSGA	Equipement : PCR digital ; Stage Master ; Fonctionnement
CRISPEDITING	Développer l'édition génomique pour accélérer l’obtention de plantes et de micro-organismes adaptés à la transition agroécologique et faciliter les formations associées en Bourgogne Franche-Comté	2025	Benoit Poinssot, Vanessa Vernoud, Cosette Grandvalet	PAM, Agroécologie	Equipement : Laser Jaune Cytomètre
MASCARBONE	MécAniSmes de séquestration du CARBONE : Étude des interactions entre altération des silicates, climat et précipitation carbonatée	2025	Emmanuelle Pucéat	Biogéosciences, Chrono-environnement	Equipement : Isoprime Precision
FROID	Facteurs de Résistance et Omics de l’Information épigénétique après Décongélation bactérienne	2026	Paul Peixoto	RIGHT, Chrono-environnement	Equipement : Nanopore PromethION 2 Solo Pack; Stage Master
CONSTELATIONS	CONception et évaluation préclinique d'un dispositif de STimulation ELectrique Auriculaire du nerf vague pour moduler les émoTIONS, la cognition, l'inflammation et le microbiote intestinal	2026	Yvan Peterschmitt	LINC, FEMTO-ST, RIGHT, Chrono-environnement	Stage Master
SHALLOW-CLAY	Processus de formation des argiles dans les boues carbonatées de lacs, lagunes et lagons en contextes évaporitiques à tropical - comparaison d'environnements modernes et cénozoïques	2026	Pierre Pellenard	Biogéosciences, Chrono-environnement	Equipement : Spectromètre infrarouge à transformée de Fourier
TOLÉRÉ	Améliorer la TOLÉrance aux multi-stress en décryptant les réponses du RÉticulum endoplasmique chez la Vigne et le Pois.	2026	Mathieu Gayral	Agroécologie / DImaCell, 4PMI	Equipement : microscopes et accessoires ; Stage Master
VESIAGE	Vésicules membranaires de ferments lactiques : développement d’une stratégie post-biotique pour réduire l’impact de maladies liées à l’âge et favoriser un vieillissement en bonne santé.	2026	Aurélie Rieu	PAM, CTM	Equipement : Analyseur de nanoparticules ; Stage Master
PREDHYCKT Jura XXI	PRojetEr la Dynamique Hydrologique et du Carbone dans le Karst et les Tourbières du massif du Jura au XXIème siècle	2026	Marc Steinmann	Chrono-environnement, Biogéosciences	Stage Master
HOPE	syntHétique cOmmunauté Pois vignE	2026	Pierre-Louis Alaux	Agroécologie, PAM	Equipements

Développer les partenariats socio-économiques

Appels à projets chaires industrielles

En plus des projets industriels de l’AAP recherche annuel, HARMI prévoit des AAP pour le financement de deux chaires industrielles.

Coopération avec le Plan Universitaire d’Innovation (PUI) Bourgogne-Franche-Comté

Un groupe de travail a été formé avec le PUI afin de :

Détecter et évaluer le potentiel de valorisation des projets financés par l’AAP recherche HARMI
Définir les contours des chaires industrielles

Programme « Itinéraire Chercheurs Entrepreneurs » de la région Bourgogne-Franche-Comté

HARMI soutient aussi le programme « Itinéraire Chercheurs Entrepreneurs » de la région Bourgogne-Franche-Comté en cofinançant à 20 % des parcours combinant recherche et entrepreneuriat et favorisant la valorisation et le transfert des travaux scientifiques vers les entreprises régionales.

Communiquer

Symposium Annuel HARMI

Le symposium annuel HARMI réunit des chercheurs de Bourgogne Franche-Comté avec la participation de conférenciers internationaux invités, d’industriels (et de plateformes). Cet évènement permet de partager de présenter et de faire rayonner les résultats des travaux de recherche du projet HARMI et favorise les échanges et le réseautage entre acteurs académiques et socio-économiques.

Le 3^e symposium aura lieu les 15-16 septembre 2026 au Manège de Brack à Dole. Inscriptions ici : https://harmi2026.sciencesconf.org/

Appel à projets pour l’organisation de séminaires, workshops, colloques et summer schools.

Chaque année, HARMI lance un appel à projets au fil de l’eau pour soutenir l’organisation de séminaires, workshops, colloques et summer schools. Pour soumettre des propositions, voir Appels à propositions

Publications

Tomko P; Ovando-Ovando CI; Boussagol P ; Santiago-Martínez MG; Visscher PT. Methanogens through time and space: impact on Earth’s planetary evolution and biogeochemistry. Geosciences2026, 16 (14), p.144. https://dx.doi.org/10.3390/geosciences16040144

Boussagol, P.; Vennin, E.; Motreuil, S.; Bonnotte, A.; Jouve, G.; Millet, L.; Munier, T.; Visscher, P. T. Enhanced Carbonate Production Model for Temperate Stratified Lakes. Limnol. Oceanogr.2026, 71 (2), e70334. https://doi.org/10.1002/lno.70334.

Visscher, P. T.; Boussagol, P.; Bourillot, R.; Dupraz, C.; Braissant, O.; Decho, A. W.; Burns, B. P.; White III, R. A.; Tomko, P.; Vennin, E. A Critical Role of Heterotrophic Bacteria in Early Diagenesis of Carbonates through Exopolymer Degradation and Calcium Release. Depositional Rec.2026, 12 (1), e70057. https://doi.org/10.1002/dep2.70057.